Эдуардо Варгас ярко блеснул в Универсидад де Чили, выиграв с клубом не только чемпионат, но и Копа Судамерикана-2012. Возможно, команда Сампаоли навела бы шуму в 2012 году уже в Копа Либертадорес, но клуб вынужден был продать несколько важных игроков, в том числе и Варгаса, которого за 18 миллионов евро выкупил Наполи.
В Неаполе Варгас себя найти не сумел, после чего на правах аренды вернулся в Южную Америку, в Гремио, а затем снова перешел в Европу, но уже в Валенсию. И в Бразилии, и в Испании заработал больше положительных оценок.
После того как сборную Чили возглавил Сампаоли, Варгас вместе с Алексисом Санчесом стал играть ключевую роль в атаке. В 12-ти последних матчах он забил десять голов.