Сапата начинал карьеру в Депортиво Кали, но уже через год перешел в Удинезе. За фриульцев сыграл целых шесть сезонов, пока его за девять миллионов евро не выкупил Вильярреал. Там он впервые сыграл в Лиге чемпионов, но тот игровой год закончился для Субмарины трагично – вылетом из Примеры.
В Сегунде колумбиец играть не стал, воспользовавшись приглашением Милана. Через год россонерри выкупили контракт футболиста за шесть миллионов. Правда, оплотом надежности этот центрбек не был никогда.