Абель Агилар дебютировал на профессиональном уровне в 2002 году за Депортиво Кали, а за сборную впервые сыграл через два года.
В 2005 перешел в Удинезе, но закрепиться там не сумел. На протяжении нескольких лет сдавался в аренду Асколи, Хересу, Эркулесу и Сарагосе, где выступал с переменным успехом. В 2010-м подписал полноценный контракт с Эркулесом и провел два сезона (один – в Примере, второй – в Сегунде). Чемпионат 2012/13 играл уже за Депортиво, вылетев с ла-корунским клубом в Сегунду. Но во второй испанский дивизион не вернулся, а перешел в клуб французской Лиги 1 – в Тулузу.
Несмотря на невпечатляющее клубное досье, в сборной Колумбии у Агилара дела идут хорошо, и он был основным игроком в большинстве матчей отборочного цикла.