Федерико Фернандес был частью Эстудиантеса Алехандро Сабеллы, и это ему очень помогает в конкуренции за место в основе сборной с другими защитниками. При Сабелле он стал вызываться в сборную регулярно, до этого проведя только два товарищеских матча.
С Эстудиантесом выиграл и чемпионат Аргентины, и Кубок Либертадорес.
В первом сезоне за Наполи отметился дублем в ворота Баварии, который, правда, не помог команде Вальтера Маццарри избежать поражения (2:3). Во втором сезоне отдавался в аренду Хетафе. С приходом Рафаэля Бенитеса получил регулярное место в основе.